A Agenda para o Território organiza o Programa de Ação detalhando as Medidas de Política estruturadas por Domínios de Intervenção. Neste âmbito reforça-se o detalhe das políticas, justifica-se a necessidade de intervir, identificam-se as entidades principais na operacionalização e alguns dos seus parceiros, e apresentam-se os efeitos esperados e o sistema de indicadores de monitorização.
A territorialização do Programa de Ação é explicitada quando na parte final da Agenda para o Território se organiza o Programa de Ação de cada Sistema. Novamente surgem o Sistema Natural, o Sistema Social, o Sistema Económico, o Sistema de Conectividades e o Sistema Urbano e ainda a territorialização das Vulnerabilidades Críticas. Aqui são representados os efeitos esperados e os indicadores-chave para a monitorização da Agenda para o Território.
