O Sistema de Pontos Focais integrou representantes das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, das Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional, da Unidade de Missão para a Valorização do Interior, dos órgãos de acompanhamento das dinâmicas regionais dos Programas Operacionais e das entidades e serviços da Administração Pública com atribuições relevantes nas áreas das finanças, indústria, energia, turismo, comércio, mar, agricultura, desenvolvimento rural e florestas, património natural e conservação da natureza e da biodiversidade, pescas, administração portuária, transportes, comunicações, património arquitetónico e arqueológico, recursos geológicos, educação, cultura, saúde, justiça, desporto, segurança, proteção civil, e defesa nacional, bem como entidades com outros interesses a salvaguardar.